摘要：研究團隊開發了FINCHES計算框架，利用粗粒化力場預測內在無序區域與折疊蛋白/其他IDRs的化學特異性相互作用。
在蛋白質王國里，存在著一群特立獨行的"變形者"——內在無序區域（intrinsically disordered regions, IDRs）。這些占人類蛋白質組70%以上的區域雖缺乏固定三維結構，卻通過化學特異性相互作用（chemically specific interactions）調控著細胞生命活動。傳統方法難以捕捉這種動態多變的分子識別過程，而FINCHES計算框架的誕生改變了這一局面。
圖1 基于序列的由無序區域驅動的分子間相互作用預測研究團隊巧妙改造了粗粒化力場（coarse-grained force fields）的化學物理參數，將其轉化為預測IDR行為的強大工具。就像破譯分子密碼本，FINCHES能直接從氨基酸序列中解讀出：哪些區域會與折疊蛋白表面"親密接觸"，哪些片段會驅動液-液相分離（liquid-liquid phase separation），以及磷酸化修飾如何像分子開關般調控這些相互作用。
驗證實驗展示了三重預測威力：準確識別IDR-IDR互作熱點、量化序列對相分離的調控、揭示無序區域與結構化蛋白表面的結合模式。更令人振奮的是，該方法能在數分鐘內完成全蛋白組掃描，不僅發現IDR內部存在化學特性迥異的"功能子域"，還系統性解析了磷酸化這一關鍵翻譯后修飾如何重塑相互作用網絡。
圖2 內在無序區域可通過互補化學作用驅動與配體的結合
盡管無法預測依賴精確序列的有序界面（如部分折疊后發生的structured interface），但FINCHES為理解IDR的"模糊邏輯"（fuzzy logic）提供了全新視角。開源工具包和在線服務器（https://www.finches-online.com/）的開放，將推動更多研究者探索這片充滿可能性的"無序疆域"。
參考資料
[1] Sequence-based prediction of intermolecular interactions driven by disordered regions
摘要：研究團隊開發了FINCHES計算框架，利用粗粒化力場預測內在無序區域與折疊蛋白/其他IDRs的化學特異性相互作用。
在蛋白質王國里，存在著一群特立獨行的"變形者"——內在無序區域（intrinsically disordered regions, IDRs）。這些占人類蛋白質組70%以上的區域雖缺乏固定三維結構，卻通過化學特異性相互作用（chemically specific interactions）調控著細胞生命活動。傳統方法難以捕捉這種動態多變的分子識別過程，而FINCHES計算框架的誕生改變了這一局面。
圖1 基于序列的由無序區域驅動的分子間相互作用預測研究團隊巧妙改造了粗粒化力場（coarse-grained force fields）的化學物理參數，將其轉化為預測IDR行為的強大工具。就像破譯分子密碼本，FINCHES能直接從氨基酸序列中解讀出：哪些區域會與折疊蛋白表面"親密接觸"，哪些片段會驅動液-液相分離（liquid-liquid phase separation），以及磷酸化修飾如何像分子開關般調控這些相互作用。
驗證實驗展示了三重預測威力：準確識別IDR-IDR互作熱點、量化序列對相分離的調控、揭示無序區域與結構化蛋白表面的結合模式。更令人振奮的是，該方法能在數分鐘內完成全蛋白組掃描，不僅發現IDR內部存在化學特性迥異的"功能子域"，還系統性解析了磷酸化這一關鍵翻譯后修飾如何重塑相互作用網絡。
圖2 內在無序區域可通過互補化學作用驅動與配體的結合
盡管無法預測依賴精確序列的有序界面（如部分折疊后發生的structured interface），但FINCHES為理解IDR的"模糊邏輯"（fuzzy logic）提供了全新視角。開源工具包和在線服務器（https://www.finches-online.com/）的開放，將推動更多研究者探索這片充滿可能性的"無序疆域"。
參考資料
[1] Sequence-based prediction of intermolecular interactions driven by disordered regions
